Здравствуйте, Виталий!

Общий принцип - поступайте по благословению настоятеля храма. Тогда будет мир и спокойствие на сердце.

По порядку ваших вопросов. Если вы в алтаре заняты каким-то послушанием (например, делаете кадило), то в это время надо делать именно это, а не поклоны на ектениях. Потому что кадило должно быть подано к началу времени каждения. Если вы свободны ( а такие моментеы бывают), то принимайте участие в богослужении так, как и все - молитесь.

О количестве чтения кафизм сказано в богослужебных указаниях, в случае их  сокращения ответственнось на себя берет настоятель или служащий священник. Действительно есть практика в приходских храмах количесттво чтений сокращать в связи с тем, что прихожанам, живущим в миру порой далеко от церкви, поздно вечером  возвращатсья домой из храма неудобно.

Согласно указаниям в Учительном известии, помещенном служебнике, записки читаются во время вынимания частиц из просфор. Если точно этого не удается сделать, тогда служащий священник призван вынимать частицы в память обо всех поминаемых, по возможности за каждое имя тогда, когда он будет совершать проскомидию. Женщина не может находиться в алтаре. На клиросе - может, и если благословит ей настоятель, может читать тетради с именами поминаемых. Желательно, чтобы в это время в алтаре священник вынимал частицы из просфор. Сложилась традиция вынимания частиц в алтаре из просфор за вечерним богослужением, после чего вынутые частицы  перед совершением литургии утром на проскомидии  полагаются на дискосе.

Спаси Христос!